屋面防水等级为三级时，对于三元乙丙（EPDM）卷材的厚度要求，根据《屋面工程技术规范》GB 50345-2012的规定，其厚度应满足以下要求：
1. 防水层厚度不应小于1.5mm。这是由于三元乙丙卷材的厚度在1.5mm以上时，其拉伸强度、强度、耐老化性能等指标均能满足三级防水等级的要求。
2. 对于特别重要的建筑或对防水有特殊要求的部位，如屋顶天窗、老虎窗等，其EPDM卷材的厚度可适当增加至2.0mm或以上，以进一步提高防水性能。
3. 在设计时，还应考虑卷材的搭接宽度。对于垂直于屋脊的搭接，其宽度不应小于100mm；对于平行于屋脊的搭接，其宽度不应小于80mm。这样可以确保卷材在搭接处也能形成有效的防水屏障。
4. 除了卷材的厚度和搭接宽度外，还应选择质量好、耐老化、抗紫外线等性能优良的EPDM卷材。在施工过程中应严格按照规范进行操作，如控制好施工温度、确保卷材铺贴平整、无气泡等。
5. 在进行三级防水等级的屋面工程时，除了EPDM卷材外，还应设置防水层之间的隔离层和保护层。隔离层可以选用干铺的聚乙烯膜或聚氯乙烯膜等材料，以防止各层之间相互粘结而失去防水效果。保护层可以选用细石混凝土、水泥砂浆等材料，以防止外力和紫外线老化。
6. 在施工过程中，还应注意对屋面节点和特殊部位的防水处理。如屋面的转角、水落口、女儿墙与屋面交接处等部位应采取特殊的防水措施，如设置混凝土导墙、涂抹防水涂料等。这些措施可以有效地提高这些部位的防水性能，防止水从这些薄弱环节渗入屋内。
7. 在施工完成后，还应进行屋面防水的验收工作。验收时应检查卷材的铺贴是否平整、搭接是否符合要求、保护层是否完整等。还应进行雨季考验或淋水试验等检查手段来验证防水效果是否达到设计要求。如果发现防水效果不达标或存在其他问题，应及时进行整改和修复工作。
8. 在使用过程中，还应注意对屋面的日常维护和保养工作。如定期清理屋面的杂物、检查卷材是否有破损或老化现象、及时修复损坏的防水层等。这些措施可以延长屋面防水系统的使用寿命并保持其良好的防水性能。
9. 最后需要强调的是在选用EPDM卷材时应注意其型号和规格是否符合设计要求和相关标准规定；在施工过程中要严格按照规范操作并加强质量监控；在验收时要严格按照验收标准进行并确保各项指标达到设计要求；在使用过程中要定期进行维护和保养工作以确保其长期稳定运行并发挥良好的防水效果。
综上所述对于屋面防水等级为三级时三元乙丙卷材的厚度要求主要包括：厚度不应小于1.5mm；特别重要部位可适当增加至2.0mm或以上；搭接宽度应符合规范要求；选择质量好、性能优良的EPDM卷材；设置隔离层和保护层；对节点和特殊部位采取特殊防水措施；加强施工过程的质量监控和验收工作；以及定期进行维护和保养工作等措施来确保屋面防水的长期稳定运行并发挥良好的效果。