农村自建房设计费用的收费标准，按照面积和层数计价的方式，主要取决于以下几个因素：
1. 房屋的建筑面积：建筑面积是决定设计费用的主要因素之一。建筑面积越大，设计费用也越高。这是因为大户型房屋的设计工作更为复杂，需要更多的时间和精力进行规划和设计。
2. 房屋的层数：层数也是影响设计费用的重要因素。层数越多，设计费用也越高。这是因为高层建筑的设计需要考虑更多的结构、安全、消防等方面的因素，需要进行更为详细和复杂的设计工作。
3. 设计的复杂程度：设计的复杂程度也是决定设计费用的一个重要因素。例如，如果房屋需要特殊的设计元素，如屋顶造型、窗户样式、装饰细节等，这些都会增加设计的复杂程度和难度，从而影响设计费用的高低。
4. 设计师的资质和经验：设计师的资质和经验也是决定设计费用的一个重要因素。具有较高资质和丰富经验的设计师收费会相对较高，因为他们具有更高的专业水平和更丰富的实践经验，能够为客户提供更好的设计方案和服务。
5. 地理位置和市场需求：地理位置和市场需求也会对设计费用产生影响。例如，在一些经济发达、人口密集的地区，由于市场竞争激烈，设计费用可能会相对较低；而在一些偏远地区或经济欠发达地区，由于市场需求较少，设计费用可能会相对较高。
根据以上因素，农村自建房设计费用的收费标准可以按照以下方式进行：
1. 建筑面积计价方式：根据房屋的建筑面积来计算设计费用。每平方米的设计费用在50元至200元之间不等，具体价格取决于上述提到的其他因素。例如，对于一栋建筑面积为200平方米的农村自建房，如果采用每平方米100元的设计费用标准，则总的设计费用为20000元。
2. 层数计价方式：根据房屋的层数来计算设计费用。每层的设计费用在5000元至20000元之间不等，具体价格也取决于上述提到的其他因素。例如，对于一栋两层的农村自建房，如果采用每层15000元的设计费用标准，则总的设计费用为30000元。
3. 综合计价方式：综合考虑建筑面积和层数以及设计的复杂程度、设计师的资质和经验等因素来计算设计费用。这种方式相对较为灵活，能够更好地反映不屋设计的实际需求和成本。例如，对于一栋建筑面积为200平方米、两层的农村自建房，如果采用综合计价方式并考虑其他因素后确定的设计费用为25000元至35000元之间不等。